横浜市繁殖センターは、平成11年４月24日、横浜市が運営する施設として、よこはま動物園(ズーラシア)の敷地内に開設されました。当センターは、希少野生動物の飼育・繁殖と、種の保存に関わる調査・研究を目的として作られた施設で、通常一般には公開されていません。このような施設が動物園のために作られたのは国内では初めての試みです。

敷地面積は3.7haで、敷地内には希少野生動物を飼育する動物舎と、野生動物に関する様々な研究を行う研究棟、及びよこはま動物園の動物を診療するための動物病院などが建てられています。

また、横浜市内の３動物園や大学等と連携し、動物の亜種判定や雌雄判別、種間あるいは個体間の近縁関係を調べるための遺伝子解析や繁殖に関わる性ホルモンの定量、それに関わる行動を解析し、希少野生動物の繁殖技術向上に貢献しています。
令和8年度より横浜市内の３動物園と同じ指定管理による運営に移行されました。