樹形・花・実のなっている様子を見られるよう、カキ、ブドウ、カンキツ類、ウメなど、日本で多く生産されているくだものを栽培しています。特にカキは、甘柿では最も古い品種で神奈川県産の「禅寺丸」をはじめ約100種を一堂に集め、植物園では全国一のカキコレクションとなっています。

こども植物園では、タケは四角の枠、ササは丸い枠、バンブーは枠なしと分けて植えています。また、エジソンが電球を作った時に使った京都のマダケや横浜の名前がつけられたササのヨコハマダケなどを植えています。

シダ類は、花の咲かない維管束植物で、胞子や体が分かれて殖えます。世界に約1万種、日本には640種があります。こども植物園では、シダの根・茎・葉の区別、胞子のうの形やつきかた、はえている様子を観察できます。

野草園は、野の花に親しみながら自然を知り、大切に守ってもらうため、市内の野山や道端に昔からあった野草を集めています。よく見かける草花も多く、形や名前を覚えるとより身近に感じることができます。石を組み合わせたロックガーデン風にしつらえてあり、山や林の静かなたたずまいやおもむきをお楽しみください。

生垣は、家や庭の囲いや仕切りとして樹木を使っている垣根のことで、風や火を防いだり、目隠しの役割も果たします。生垣に適する樹木には刈り込みができ、芽吹きの良い種類が選ばれます。

花木園には、2月に咲くマンサクや早春のコブシを皮切りに、サクラ、ツツジ、シャクナゲ、サルスベリ、キンモクセイ、サザンカと季節を通して花が楽しめるようにさまざまな種類の花木や魅力ある樹木を植えています。

薬草のほか、人間がよりよい生活をするために発見し利用していた植物を集めています。

冬の寒さや雨の多い日本の気候とは異なる熱帯・亜熱帯の植物と、乾燥地に生えるサボテンなどの多肉植物を集めた２つの温室があります。

植物園の裏門近くには、約30メートル以上の高さのメタセコイアの並木があります。まっすぐに立派に成長しています。

田んぼや沼地、川や湖など水分の多い場所に生えるが、開発が進み、水辺は埋め立てられ、川や湖が汚れ激減しています。
ここでは、かつて横浜のどこにでも見られた水生植物を中心に、鉢で栽培しています。

木原博士は植物遺伝学者であり、高等植物の遺伝学、進化学の分野で数々の業績を残し、特に、倍数体植物の染色体行動に関する研究で、世界に先駆けて「生物が個々の生活機能を営むための最小限の染色体のセットの単位」という「ゲノム説」を確立・定義することで21世紀の生命科学の基礎を築きました。またゲノム分析法による栽培コムギの祖先種を解明、「木原博士はコムギ博士」とも言われているほか、スイバにおける性染色体の発見、三倍体を利用した種なしスイカの作出で世に知られ、研究は広く博物学領域に及びました。
こども植物園は「木原生物学研究所」の敷地を活用し、整備したものです。

1F展示室では企画展を定期的に開催しています。
2F研修室では「こどもの講座」、ガーデニング教室・フラワーアレンジメント教室などの「大人の講座」を開催しています。